农村合作医疗和公司上的社会保险有冲突，只能报销一份。城镇医疗保险包括城镇职工医疗保险、城镇居民医疗保险等等。城镇居民医疗保险是以没有参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人和没有工作的居民为主要参保对象的医疗保险制度。新农合跟五险冲突,农村合作医疗和五险中的医疗保险是冲突的,两者是不能同时参加的,所以就不会存在两个一起报销了,只能报销一个。从现阶段报销的比例来看,如果缴纳社保,就直接用社保报销比较划算,停止缴纳新农合。

新农合和五险一金在缴纳方面不冲突，在报销的时候只能有一个报销。

1、从缴纳方面来说，五险一金和新农合是可以同时买的，这个并不冲突。但是在两者都购买之后，如果生病住院，有产生费用需要报销的时候，五险里面的医疗保险和新农合是不可以同时报销的。

2、从覆盖范围来说，五险一金覆盖的范围更广，所有公司企业的员工，甚至是灵活就业者，都是可以购买五险一金，享受五险一金的；而新农合则是针对拥有农村户口的人。

合作医疗和五险一金需要同时交吗合作医疗和五险一金不需要同时交。因为新农村农村合作医疗和五险中的医疗保险是冲突的，合作医疗和五险一金不能同时参加。所以就不会存在合作医疗和五险一金一起报销的情况了，通常只可以报销其中的一个。从现阶段报销的比例来看，如果劳动者已经缴纳社保，直接用社保报销比较划算，停止缴纳合作医疗。

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法律依据：《中华人民共和国劳动法》第七十二条社会保险基金按照保险类型确定资金来源，逐步实行社会统筹。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。

《中华人民共和国社会保险法》第四条中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。

《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务。劳务派遣单位与被派遣劳动者订立的劳动合同，除应当载明本法第十七条规定的事项外，还应当载明被派遣劳动者的用工单位以及派遣期限、工作岗位等情况。劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬；被派遣劳动者在无工作期间，劳务派遣单位应当按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向其按月支付报酬。