根据查询家核优居网得知，二类经济适用房和商品房的区别如下：

1. 房屋性质：二类经济适用房是针对低收入者建造的行政划拨房屋，商品房是由开发商自行建造的面向所有群体出售的普通房屋。

2. 配套政策：购买二类经济适用房可享受政策；商品房则没有这些优惠政策。

3. 交易费用：二类经济适用房需按房屋成交价的3%缴纳土地出让金，但商品房正常出售即可。