南京医疗二次报销标准如下：

一、住院费用：

1、一级医院：在职员工报销比例为97%，退休人员报销比例为98%；

2、二级医院：在职员工报销比例为95%，退休人员报销比例为97%；

3、三级医院：在职员工报销比例为90%，退休人员报销比例为93%；

4、起付标准：一级医院300元，二级医院500元，三级医院900元；

5、建国前参加革命工作的退休老工人个人分担比例为在职职工的10%。

二、普通门诊：（一个自然年度内）

1、起付标准：在职员工1200元，退休/职人员1000元，建国前老工人200元；

2、补助比例：

a、社区医疗机构：在职员工70%，退休/职人员75%，建国前老工人100%；

b、其他医疗机构：在职员工60%，退休/职人员65%，建国前老工人95%；

3、最高支付限额：在职员工2000元，退休/职人员3000元，建国前老工人4000元。

三、门诊慢性病：

1、起付标准：在职1000元，退休800元，70岁以上退休人员600元，建国前老工人0元；

2、补助比例：

a、社区医院：在职70%，退休85%，70岁以上退休人员95%，建国前老工人100%；

b、非社区医院：在职60%，退休75%，70岁以上退休人员85%，建国前老工人95%；

3、补助限额：（每人每年）

a、Ⅰ类：在职2000元，退休3000元，70岁以上退休人员3500元，建国前老工人4000元；

b、Ⅱ类：在职4000元，退休5000元，70岁以上退休人员5500元，建国前老工人6000元；

c、Ⅲ类：10000元；

d、同时患有两种及两种（以序号病种为准）以上慢性病，在原最高补助限额基础上增加2000元。

四、家庭病床：

1、起付标准：300元；

2、补助比例：95%；

3、补助限额：1500元。

五、门诊特定项目：发生的符合基本医疗保险规定的门特项目医疗费用，直接与定点医院或定点药店收费前台进行结算；乙类药品和乙类诊疗项目先由参保人员分别按规定的比例自付，其余部分再按基本医疗保险规定支付。

法律依据：

《中华人民共和国社会保险法》

第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用,按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。