您好，商业贷款是否还清对公积金贷款并没有直接影响。但公积金贷款政策中规定：缴存职工家庭（包括借款人、配偶及未成年子女）名下在本市无住房、有一次公积金贷款记录的，或已有一套住房、购买第二套符合改善型认定条件的，均认定为第二套改善型住房。

已有一套商业贷款所购的房子，不管有无还清贷款您在本市已有住房记录，因此您如果再购买房子时就认定为二套房，对公积金贷款的影响具体有以下3个方面：

1）对首付比例的影响：

所购房子大于90平，如果是首套房最低首付比例为30%；

现在是二套房，因此公积金贷款首付比例就为50%；

举个例子：你的房子是200万一套，那么用公积金贷款时，如果是首套房，那么你的首付为60万；现在为二套房，那么你的首付最低要付100万；

1） 对最高贷款金额的影响：

首套房情况下：

① 有补充金且2人及以上者共同贷款，最高可贷120万；

② 有补充金且只有1人贷款，最高可贷60万；

③ 无不充金且2人及以上者共同贷款，最高可贷100万；

④ 无补充金且只有1人贷款，最高可贷50万；

二套房情况下：

① 有补充金且2人及以上者共同贷款，最高可贷100万；

② 有补充金且只有1人贷款，最高可贷50万；

③ 无不充金且2人及以上者共同贷款，最高可贷80万；

④ 无补充金且只有1人贷款，最高可贷40万；

注：补充金：即为补充住房公积金，指的是公积金制度的一种补充，基本特征与公积金相同，属于自愿缴存。

3)对贷款利率的影响：

如果是首套房，贷款所执行的贷款利率按照基准利率执行（截至2017年9月28日执行的贷款基准利率为5年内含5年是2.75%，5年以上是3.25%）；

现在为二套房，贷款利率就要在基准利率的基础上上浮10%；